中国医药学是我国人民应用了几千年的成熟的医药学，有其科学系统的理论体系，有其鲜明的中华文化特色。党中央高度重视中医药事业的发展，早就提出了“中西医并重”这一符合中国国情的卫生工作的总方针。坚持“中西医并重”和“扶持中医药和民族医药事业发展”写入了党的十七大报告。但长期以来，党的卫生工作的总方针未能得到很好的贯彻落实。
从数量上看，据2007《中国卫生年鉴》卫生统计信息：2006年医疗机构数，综合医院13120家，中医医院2665家；2005年卫生人员数总计5426851人，其中卫生技术人员数4460187人；2005年分科医师数，共有执业医师1607673人，其中中医(包括民族医学和中西医结合)执业医师仅229910人。
从医学教育来看，全国100多所西医院校的学生只用1/60的时间(60学时左右)学一点中医知识，而全国32所中医院校的中医学生却必须用1/3的时间(1200学时左右)学习大量的西医知识，这是何等的不对称！四川省一位省领导曾一针见血的指出：“很多中医药大学的学生不愿背汤头、读经典，毕业后开处方有错别字，诊病依靠现代检测手段，而对中医传统的望、闻、问、切没有真正掌握。为什么有这种现象？重要原因——就是中医高等院校采取了西医高等院校的教育方式，而失去了中医教育的特点，违背了中医成才的规律。”
不仅中医本科教育质量堪忧，研究生教育质量更令人忧虑。几乎90%以上中医硕、博士研究生的毕业论文都是动物实验研究，根本没有突出中医学术特色，甚至有的论文内容根本与中医药无关，这些“研究成果”，大多数既不能指导中医临床实践，也不能对中医基础理论的发展产生实质性的影响。临床疗效是中医生存之本，是硬道理。若只追求动物实验“指标”，轻视中医经典的研习，忽视中医临床能力的培养，却美其名曰“中医科学化”、“中医现代化”。如此下去，中医将走向何方？
中医西化严重，中药西化尤为严重。中药学专业的课程绝大多数是现代药学的课程，忽视传统中医药理论，忽视中药材的辨识，忽视加工炮制工艺的传授，忘记了名方成药皆出自中医临床家的经验总结而并非来自实验室。加上目前地道药材越来越少，中药质量日益下降，更直接影响了临床疗效。
医、药分开管理后，药监部门管不了卫生部门，卫生部门管不了药监部门，缺乏监督，产生腐败，以致药厂研发的中成药在医院的临床试验往往产生虚假不实的数据。而传统的中成药由于利润较薄，挣不到钱，目前有近500种传统中成药已无药厂生产了。最终损害的是广大人民群众的健康，也丢失了中医治病的武器。
从医学科研来看，科研经费基本上给了西医药，真正的中医药研究往往不给经费或给少量经费。如2004年科技部为解决艾滋病问题拨出5000万元科研经费，卫生部给西医4500万元，只给中医500万，科技部几经努力，才又给中医药增拨300万元，也只占全部经费的16%。
从科研方法论看，丢掉了中医药理论的指导作用，将有限经费的绝大部分投入到寻找脏腑经络的“实质研究”上，或寻找中药的“有效成分”上，搞了很多年，化了不少钱，“成果”出了一大堆，却仍无法弄清脏腑经络的实质，难以指导中医临床。另外，不少中医药科研号称达到分子水平、基因水平，却丢掉了中医自身的特色与优势，不少课题成了研究中医的假科学，并非中医研究的真学问。
中医药与西医药是各具优势、相互补充而又不能相互取代的两大医疗保健体系。中医药是我国原创性的医学，我们只有大力向国外铺轨，将中医理法方药传播出去，中医药才能被全世界所认同。决不能拿西医药的“标准”来判断中医药的“科学”与否，如此只能导致中医药丧失自身的特色优势而走向消亡。
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